Al ser sus padres asesinados por error por ninjas de Konoha, Nagato activa por primera vez su rinnengan, al cabo de un tiempo despierta y encuentra a los dos ninjas muertos, tiempo más tarde y, luego de enterrar a sus padres, deja la aldea entendiendo que fue él quien asesino a los ninjas de Konoha que acabaron con la vida de sus padres. En el trayecto, empieza a agotar sus provisiones quedandose asi sin nada que comer y víendose obligado a pedir en cada casa un poco de comida, pero nada consigue. Luego de llegar a la última casa, la persona que vive allí le dice que no tiene comida suficiente más que para él y los suyos, a raíz de esto Nagato se desmaya del hambre y un perro lo despierta; Nagato le dice que puede acompañarlo pero no tiene nada que darle, luego en ese momento conoce a Konan quien le ofrece un pan el cual Nagato lo divide y lo comparte con su pequeño amigo (el perro) a quien después llamaria Chibi; Konan lleva a Nagato a donde se encuentra Yahiko y a partir de ese momento se vuelven amigos cuidandose unos a otros tratando de sobrevivir robando comida.
Tiempo despues encontraron a los Sannin de Konoha, quienes al principio no querían ayudarlos. Notablemente, Orochimaru recomendó matarlos ya que eran huérfanos de guerra y que seguirían viviendo miserablemente,mientras que Tsunade consideraba una pérdida de tiempo ocuparse de los niños.Pero Jiraiya, a pesar de eso, decidió que él iba a cuidar de los tres y se los llevó con él. Una noche, Nagato lloró porque estar cenando en compañía le recordaba de su familia, y más tarde en la noche se escapó con Yahiko.
Los dos fueron atacados por un chunin de la Aldea Oculta de las Rocas, que hirió a Yahiko. Al ver esto, Nagato activó su Rinnegan, y mató al ninja, una cosa que es casi imposible para alguien que nunca entrenó como ninja o nunca tuvo experiencia en artes marciales y combate militar. Jiraiya decidió luego que les iba a enseñar Ninjutsu.[11] [12] Nagato estuvo bastante triste por matar al ninja, y le pidió ayuda a Jiraiya para que pudiera proteger a Konan y a Yahiko, con lo cual el Sannin le respondió que debía madurar. Después de tres años, Jiraiya sintió que ya eran lo suficientemente fuertes para protegerse por sí mismos y les dijo a los tres que los vería de nuevo cuando sean adultos. Jiraiya creyó que Nagato había muerto con los otros bajo circunstancias desconocidas,[13] pero le dijo a Konan que cuando escuchaba sus nombres fuera de la Aldea Oculta de la Lluvia, siempre era que alguien terminaba muerto cuando se les oponía.
Desde entonces, Pain ha liderado una de las potencias combatientes en la guerra civil de la Aldea Oculta de la Lluvia y ha llegado a dominar la aldea, donde se ha vuelto un líder bastante respetado. Los miembros del partido de Pain usan los protectoresde la Aldea Oculta de la Lluvia con una línea horizontal como lo hacen los miembros de Akatsuki,[14] a pesar de que ninguno de ellos, incluyendo a Pain, sean ninjas renegados, como lo simboliza ese rasguño en el protector.
